De historie van de stad wordt op een levendige wijze gepresenteerd, met beeld, geluid, beweging en natuurlijk de verzameling objecten. Alles wat Amsterdam Amsterdam maakt komt voorbij: de eerste bewoners van rond het jaar 1000, de heipalen waarop de stad is gebouwd, de grachten, de haven, de Gouden Eeuwen, het Concertgebouw, voetbalclub Ajax, de coffeeshops, de Wallen, creativiteit, ondernemerschap, vrijdenken en burgerschap. Dwalend door de zalen van het charmante pand – dat ooit het Burgerweeshuis was – komen de bezoekers bijzondere stukken tegen, zoals een vogelvluchtplattegrond uit de Middeleeuwen, De Dam van Breitner, een anatomische les van Rembrandt, de witkar en een portret van Theo van Gogh. Het museum beschikt over ruime binnenplaatsen, een galerij vol schuttersstukken, een winkel en een café-restaurant met een zonnig terras.